神棚には3種類ある。一般的にみられるのは小型の神社を摸した宮形の中に神宮大麻や氏神札、崇敬神社の神札を入れるもので、これは札宮といい、狭義にはこれを神棚と呼ぶ。神職の家などの神葬祭を行う家には、祖先の霊をまつるための神棚があり、これは御霊舎という。他に、神札よりも神の依り代としての意味合いが強い「御神体」をまつる神棚もある。その場合は神棚ではなく「御神体」を授与した神社の分社とみなすほうが自然だ、とする考え方もある。神棚は、できるだけ明るく清浄な場所の、最上階（または上に上階の床のない箇所）の天井近くに南向きまたは東向きに設置するのが良いとされる。最上階への設置が困難な場合があるため「雲板」や「雲文字」が用いられる。「雲板」は神棚を設置する神棚板の上部に取り付けられている雲形に彫刻されている部材である。また、「雲文字」は「雲」、「天」、「空」の木製の抜き文字あるいは紙製の書き文字を天井部分に取り付けるものである。設置場所がなくやむを得ずタンスの上にまつる場合は白い布か白い紙を敷いて神札を置くのが望ましいが、トイレと背中合わせになる場所や、人の出入りが激しい扉の上などは避けなければいけないと言われている。それ以外にも同じ部屋で神棚と仏壇の向かい合わせの設置は好ましくないとされている[4]。神棚は家の中のある意味神社であり、神棚の正中には不浄なものがないようにすることが望ましい。神棚の正面には神鏡、左右に榊を立てた榊立て、灯明を配し、神棚の前方に注連縄をかける。このほか折敷、土器、瓶子、水玉、真榊、御幣（金幣）などが神具セットに含まれている場合があり、ほかにも各家庭でさまざまな縁起物（破魔矢、熊手など）が飾られている例が珍しくない。なお、神鏡を置く理由は諸説ある。神は鏡のようにあるがままを見通すものであるとか、あるいは鏡のように見る人によって違って見えるものであるからそのつもりで神の前に立てという意味であるという説や、自らの中にある神性と向き合えという意味であるとする説、あるいは鏡は太陽の光を反射するように神の光を映すものであるとする説、など。
神饌としては、米、酒、塩、水が基本であるが、そのほかに乾物、野菜、果物、菓子類などが供えられる。米、酒、塩、水は毎朝新しいものと取り換えるのがよいとされている。ほかに、合格通知や祝物の熨斗紙などが捧げられる場合もある。また、獣肉や乳製品、ネギ属の野菜は供えるのを控えることが多いが、地域や祭神によってはこれらを供える場合もある。神へ供えた食べ物は後で「お下がり」としていただくようにする。身内に不幸があった時は、50日間神棚の扉を閉め、白い紙を貼って隠し、お供え・拝礼もしてはならない。 「赤不浄」といって、出産や月経の穢れを「血の忌み」とし、「死の忌み」に関しては「黒不浄」と呼ぶ。かつて、この不浄期間中、女性は神事に携わることが禁じられており、参拝することも、神棚の前に出ることも許されなかった。神職の家では厳しくこの忌みを守るが、これらの考え方は、男子が神事を司るようになって現れたとも考えられ、女性の神職が中心となって祭りを行う沖縄の島々では、こうした穢れの意識が希薄であると指摘される。現代の武道の道場にはよく神棚が祀られているが、江戸時代の道場は神棚ではなく、『日本書紀』や『古事記』など日本神話から「剣の神、武の神」とされた「鹿島大明神」（武甕槌神）と「香取大明神」（経津主神）の二柱の神名、さらに幕末期には尊皇攘夷思想の高まりとともに「天照皇大神宮」（天照大神）を中央に加えた三柱の神名を書いた掛け軸が床にかける神床であった。道場に神棚が祀られるようになったのは明治時代以降の国家神道の影響である。1936年（昭和11年）、文部省主催の体育運動主事会議において、「道場ニハ神棚ヲ設クルコト」という答申が行われ、学校の道場への神棚設置が義務化された。その下に日章旗が掲揚され、稽古の際に神拝が行われるようになった。第二次世界大戦後、連合国軍最高司令官総司令部が学校教育への武道を禁止し、昭和21年1月12日に大日本武徳会理事長藤沼庄平から都道府県支部長宛に「神殿、神棚等撤廃ニ関スル件」が発せられ、神棚は撤去された。ただし現代においても一部の国公立校、多くの私立校では神棚が祀られている。
神を祀る棚を設けた最古の記述は『古事記』にある。すなわち「天照大神が高天原を統治することになった時、伊弉諾尊の御頸珠を御倉板挙之神として棚に奉斎した」とある。 陰陽道の最盛期といわれる平安時代中期頃から、疾病·地震·火災·天災など、それらを神の祟りが起こすものと考えられ、祟りを起こす神の存在を鬼に例えて恐れたといわれる。鎌倉時代前期に著された「陰陽道旧記抄」に「竈、門、井、厠、者家神也云々」とあり、井戸、竈、厠など、病気に直結する場所を神格化させて、諸々の宅神から祟りをうけぬよう祭祀を行っており、竈神、門神、井戸神、厠神など、様々な場所の神を宅神とした崇めていた歴史がある。また、宮城を造営する際、君主が世界を支配するために天（神）と繋がる中心点が重要であるとして太極殿を建て、代表的なものに、平安神宮外拝殿があるが、建物の太極（中心点）が、万物の根源、陰陽の根源とつながるものと考えられ、万物には当然のごとく神が宿ることから、そこに建てる重要な柱を太極柱と呼ぶことになる。地方によっては、大国主の神をお祀りすることから大黒柱ともいい、太い柱を大黒柱と一概にいうわけではない。伊勢神宮正殿に見られる心御柱も、日本の神が、木や柱を依り代とするため、神が依り憑く神籬 としているため、古来は神棚ではなく、家の中心とする柱やそれぞれの場所（井戸、厠、門、竈）に手を合わせ現代の神棚のように崇めていた。 神棚が日本の歴史に登場するのは、近世江戸時代中期頃である。もともと神道では神とは常在のものでは無く、人が祀る時に初めて現れるものとされる為、神の常在を前提とした神棚の成立はそう古いものでは無く、古代日本には神棚は存在しない。 なお、『神道大辞典』では「鎌倉時代から室町時代初期（中世）にかけて伊勢両宮の神官等が神符を各地に配布する頃に神棚が誕生した」と説明している。 江戸時代には伊勢神宮や富士に参詣する事が観光旅行として庶民に広まっており、この時、旅行案内人としての役割を担った存在に御師(おし)がある。御師は身分的には百姓と神職の中間に位置づけられて、全国にお神札(ふだ)を配布しながら伊勢神宮への信仰を勧めた。信仰を勧める戦略の一つとして、御師は大神宮棚というものを考案する。 これは伊勢神宮のお神札を家庭で祀ることの出来る物であり、これが今で言う神棚に当たる。神棚が各地の神社の御師によって広められることで、やがて庶民の間に、神道上の慣習として定着するようになった。 神棚と家相の関係 家相では、家の中心点を 「太極柱（大黒柱）」「囲炉裏」「神棚」「一家の主の正寝」「商店は床の間」「武家は玄関」 など、15を超える中心点の流派があり、神棚を置く場所自体がその家の中心とする考えがあった。また明治維新まで絶大な権力をもった土御門家は「一家の主の正寝を中心」としていたため、正寝に神棚を置いたり、特に武家は玄関に神棚を祀っていた歴史がある。 神棚と仏教の関係 仏教（主に真言宗）でも御札は神棚に祀る。その場合、神道の神札とは別けて祀る場合と、同時に祀る場合が存在し、祀る順番も合わせて厳密な決まりは無い（高野山真言宗の場合） 明治維新までの神仏習合の影響が大きいことが理由である。